1955年5月1日，成立马边县人民检察院。1965年7月，设立检察委员会。文革时期，由军管组、人保组代行检察权。1978年8月10日，马边县人民检察院恢复建立，并设立检察委员会。1984年10月1日，经国务院批准成立马边彝族自治县，马边县人民检察院更名为马边彝族自治县人民检察院。
我院于2003年10月迁入马边县城东光小区，占地4.6亩,办公办案用房2171平方米，建立了审讯监控系统、网上举报系统、办公办案系统、高清视频会议系统等现代化办公办案设施，现有4台办案车辆、55台品牌电脑（人平1.7台）、2台复印机、10台打印机，配备了摄像机、数码相机、密侦包、录音笔一定的科技装备。
通过历届班子和全院干警的共同努力，我院领导班子连续6年被县委评为四好班子；先后多次被市院评为目标综合考评先进单位；先后被评为全市学习型先进检察机关、全省先进基层检察院、被省院荣记集体一等功、第三届全国先进基层检察院等殊荣。
我院现有政法专项编制27人，在职24人；聘用制书记员10人；彝族干警7人。我院经内设机构改革后，共设内设机构5个（办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、政治部），有领导班子5人，其中：党组书记、检察长1名，党组副书记、常务副检察长1名，党组成员、副检察长2名，党组成员、政治部主任1名。
